Tras salir de Suiza, Eugenio se encontraba ahora con su tío, el Obispo Fortuné. Podía sentir la tensión y el peligro para la Iglesia de parte del nuevo gobierno.
Las autoridades civiles intentaron por todos los medios crear dificultades para la diócesis de Marsella. El P. Tempier, quien fungía como Vicario General, había escrito al periódico acerca de la disputa que siguió a un incidente provocado por los jóvenes durante un servicio en la iglesia San Teodoro.
Habría deseado se eliminaran algunas expresiones en sus cartas y sobre todo que no tuviera la idea de presentar su reclamación en un periódico; … creo que en estas circunstancias hay que ser firmes, pero mesurados en los términos
El Ministro de Culto en París había publicado una carta ordenando no hubiera reuniones en las iglesias, salvo los domingos y cuatro festividades religiosas que se habían conservado del Concordato de 1801. Eugenio recomendó a Henri Tempier responder:
Ese tono mesurado pero firme es el que le aconsejo utilizar en su respuesta a la inconcebible y ridícula carta del Sr. Mérilhou. Creo se deben guardar las palabras fuertes para un último extremo. Confieso, sin embargo, que es como para perder la paciencia… Se podría incluir a propósito un pequeño comentario sobre la libertad. No podemos ocultarnos del hecho de que comienza la persecución. Escríbanos inmediatamente después de Navidad; estoy temiendo algún escándalo para esa santa noche, que querrían además achacarle a usted.
Carta a Henri Tempier, Diciembre 24, 1830, EO VII núm. 375