Yvon Beaudoin nos da el contexto:
El 1° de mayo de 1804 Napoleón logró hacer que el Senado lo nombrara emperador hereditario de los franceses. Restablecía así la monarquía que la Revolución había destruido. Era entonces tan popular que el pueblo aprobó el voto del Senado por plebiscito. Las fiestas de la consagración y coronación en presencia de Pío VII el 2 de diciembre de 1804 fueron solemnes. El emperador residió en las Tullerías, teniendo una corte, como los antiguos reyes.
http://www.omiworld.org/es/dictionary/diccionario-hist-rico_vol-1_i/2168/imperio/
Al llegar Napoleón al poder se adaptó a la Iglesia, pero la controló para sus propósitos. Fue en esa época que Eugenio ingresó al seminario en París.
El 1° de mayo de 1804 el Senado proclamó emperador a Napoleón, confirmado por un plebiscito. El 2 de diciembre de 1804 Napoleón fue coronado emperador en Notre-Dame de París, en presencia del Papa Pío VII. Las relaciones entre Roma y París fueron buenas por algunos años, pero vencedor de varias coaliciones, Napoleón deseaba imponer el Concordato a todos los países de los que ya era soberano, en particular a Italia, Austria, Bélgica y Holanda. El Papa se opuso, rehusando dar la institución canónica a los nuevos obispos, suprimiendo así prácticamente el Concordato. Las tropas francesas se apoderan entonces de Roma y los Estados Pontificios, adscribiéndolos al Imperio por decreto del 17 de mayo de 1809. Pío VII, sin nombrar a Napoleón, excomulgó a todos los que participaron en esa acción. El Papa fue conducido a Savona en la ribera de Génova, donde permanecería cuatro años y los cardenales italianos fueron dispersados hasta París. (http://www.omiworld.org/es/dictionary/diccionario-hist-rico_vol-1_n/2170/napole-n-i/ )
Eugenio aprendió a trabajar clandestinamente para la causa del Papa en prisión, quien excomulgó a Napoleón y a quien Eugenio se refería como “el abominable tirano, enemigo de todo lo bueno.”
En efecto, el emperador, no solo anexó los Estados Pontificios, sino que hizo salir de Roma al Papa, para llevarlo a Savona en julio de 1808. Pío VII respondió a esas vejaciones con una Bula de excomunión, que Napoleón prohibió se publicara en Francia. El Sr. Emery logró conseguir una copia y la hizo transcribir por el abate de Mazenod, para luego difundirla en Francia. Desde ese momento y hasta junio de 1810, en que Emery fue forzado por Napoleón a abandonar el seminario, Eugenio formó parte del despacho llamado scriptorium, donde con gran secreto, se transcribían documentos provenientes del Papa o de algunos cardenales, difundiéndolos luego en Francia por medio de personas de confianza. De ser sorprendidos en flagrante, esos copistas benévolos estaban expuestos a penas muy severas.