Los conflictos con algunos de los sacerdotes de Aix comenzaron en 1816, una vez que los Misioneros de Provenza habían sido establecidos y abrían su iglesia para culto público, a partir de abril de 1816. Siendo una iglesia perteneciente a una comunidad, carecía de límites parroquiales y el clero local no tenía control sobre ella. Es fácil comprender cómo una comunidad de jóvenes sacerdotes, llenos del celo de sus inicios, comenzó a atraer a la gente a la Iglesia de la Misión. La misa diaria, las oraciones matutinas y vespertinas, el sermón de instrucción, la confesión, la devoción de cuarenta horas, retiros en preparación para las fiestas mayores, el centro para la Asociación del Sagrado Corazón y un exitoso ministerio con los jóvenes fueron ingredientes atractivos. Es fácil también comprender cómo los sacerdotes de las parroquias circundantes estaban descontentos de ver que sus feligreses asistían a los servicios en otro lugar. La oposición era inevitable.
No sólo hay que atacar al infierno, sino también defenderse contra la envidia y todas las demás pequeñas pasiones que agitan a algunos sacerdotes que son dignos de lástima, porque la opinión pública ha cometido una justicia bastante mortificante para ellos..
Carta a Forbin Janson, julio-agosto 1816, E.O. XV n 138 y VI n 13
En vista de la oposición, la confianza de Eugenio de estar haciendo la voluntad de Dios y la tarea que Dios le encomienda, le da valor para continuar, con una clara conciencia.
ya que me es muy difícil despegarme de aquí, donde mi presencia parece ser todavía necesaria, porque, le costará creerlo, no teniendo en vista más que el bien, y diré aún más, estando ya haciendo el bien con la gracia de Dios, tengo sin embargo que luchar contra una persecución continua por parte de algunos sacerdotes, cuyos esfuerzos resultan, no obstante, impotentes gracias a la posición en la que el buen Dios ha querido colocarme;
hago como si ignorase sus solapadas actuaciones, y hablando claro, sólo me defiendo con mi buen comportamiento, y siguiendo adelante en todo cuanto Dios quiere que haga, a pesar de ellos. Me parece que los santos en mi lugar hubieran obrado igual, y toda mi ambición está en tratar de imitarlos; hago sus obras esperando adquirir una pequeña parte de sus virtudes.
Nos ha parecido reconocer que el Señor nos protege, por las bendiciones abundantísimas que prodiga sobre cuanto emprendemos para su gloria. Eso nos compensa con creces todas las penas que esos falsos profetas desearían darnos, como quien no quiere la cosa
Carta a M. Duclaux, el 21 de abril 1817, E.O. XIII n.5