El estilo de vida acaudalada de Eugenio terminó de forma abrupta cuando tenía nueve años. La Revolución de 1789 buscaba destruir a la Iglesia y su dominación en la vida de la gente. La noble familia de Mazenod tuvo que huir al exilio. Yvon Beaudoin nos comenta:
La Primera República fue proclamada el 21 de septiembre de 1792 y duraría hasta el 28 de mayo de 1804, cuando fue sustituida por el Imperio de Napoleón. Eugenio habla poco de ella, pero sufrirá sus consecuencias. Durante este período fue cuando la Revolución Francesa se mostró violenta. Comienza pacíficamente con el fin de sustituir una sociedad basada en los privilegios, por una sociedad donde la legalidad de todos sea la ley común.
El 4 de agosto de 1789 los privilegios feudales fueron suprimidos por la Asamblea Nacional. Ésta proclama la Declaración de Derechos del Hombre el 26 de agosto. El Parlamento de Aix, como todos los demás, fue suprimido por un decreto del 7 de septiembre de 1790; lo mismo le sucedió al Tribunal de Cuentas el 4 de julio de 1791.
Un movimiento contrarrevolucionario comenzó en Aix, contra el que se formaron clubes agresivos que defendían la Revolución. En diciembre de 1790 surgen disturbios, las bandas querían apresar a algunos aristócratas, algunos de los cuales fueron colgados en el Cours, frente al «hôtel” [mansión] de los Mazenod. Fue entonces cuando, hacia el 13 de diciembre de 1790, vestido de cazador, el Presidente de Mazenod marchó a Niza, desde donde llamaría a Eugenio en febrero de 1791.
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