La tercera sección de la Regla de vida se centraba en las relaciones de los jóvenes con la Iglesia:
Igualmente sometidos a los preceptos de la santa Iglesia, los observarán, sabiendo muy bien que no podrían, sin crimen, rechazar a esta madre que los ha engendrado en Jesucristo, la obediencia que le es debida en este sentido y a causa de la autoridad que le ha sido confiada por su divino Esposo.
Règlements et Statuts de la Congrégation de la Jeunesse, 1813, p. 20
Aquí Eugenio retorna a su tema favorito: la Iglesia como Esposa de Cristo, quien es una madre para sus miembros, porque ella les ha traído a la vida de Cristo al darles a luz. Ella les ha engendrado como hijos en el Hijo y el objetivo de Eugenio era hacer entender a la gente lo que esto significaba.
Refiriéndonos de nuevo a su carta desde el seminario sobre las catequesis con los chicos pobres de París, podemos reconocer la preocupación de Eugenio por hacerles entender el significado de pertenecer a la Iglesia – y de no hacer las cosas por mera obediencia ciega.
Tendré en mi catecismo, gran número de jóvenes, que no han hecho todavía su primera comunión. No me disgusta emprender eso, porque, Dios mediante, no haremos un mal trabajo. Sin duda es preciso que hagan su primera comunión, pero lo es mucho más todavía que la hagan bien..
Carta a su madre, el 4 de febrero de 1809, E.O. XVI n. 44