Come stiamo vedendo, l’impegnativo ministero dei Missionari stava producendo molti frutti, ma era allo stesso tempo la fonte di abbondanti critiche e opposizioni. Era Eugenio, come superiore di questo gruppo, a portare il carico delle difficoltà . A ciò si aggiungeva il conflitto riguardante la possibile nomina di Fortunè de Mazenod alla presto rifondata diocesi di Marsiglia. La sorgente della forza di Eugenio viene dalla sua oblazione: vivere tutto per Dio come parte di una comunità di missionari religiosi.
Il suo biografo, Rey, narra:
Comunque, le prove e le contraddizioni non mancavano per lo zelante Fondatore: divennero il condimento della sua esistenza. Così egli fece ricorso alla preghiera con fiducia illimitata. Il 20 Maggio, egli ci fece richiesta di pregare da quel momento specificatamente per lui ogni giorno, durante la preghiera della sera.
“ è l’usanza di San Sulpice, diceva, e io ne ho un bisogno maggiore dei Superiori di San Sulpice che si trovano ormai in pensioneâ€
Rey I, p. 278
 Questa tradizione di pregare per il Superiore Generale continua tuttora nella Congregazione con la preghiera quotidiana: “Assisti il nostro Superiore Generale. Possa guidare la Congregazione nello Spirito di Sant’Eugenio e possa essere un segno di unità tra tutti gli Oblatiâ€.
“Se davvero amiamo le persone, desidereremo per essi più di quanto è in nostro potere di dar loro, e questo ci porterà alla preghiera: l’intercessione è una strada per amare gli altri.†   Richard J. Foster