Per capire alcune decisioni prese da Eugenio, dobbiamo ricordare che la Chiesa in Francia dopo la Rivoluzione era in pessimo stato. Molti preti e religiosi erano stati uccisi, altri erano scappati aldilà dei confini francesi e altri erano rimasti e collaboravano con molte autorità che volevano distruggere la Chiesa Cattolica Romana. Quando Napoleone conquista il potere assoluto, vuole il diritto di nominare i vescovi francesi. Papa Pio VII rifiutò e di conseguenza fu imprigionato dall’Imperatore.
Non potendo nominare vescovi, Napoleone allora spostò nelle diocesi di sua scelta i vescovi già esistenti. L’Arcidiocesi di Aix era tra quelle e Napoleone vi mandò il vescovo di Metz. A Eugenio non piaceva l’usurpo che Napoleone aveva operato ai danni del Papa. Leflon descrive un incidente a Aix en Provence:
Durante un pranzo solenne, in cui il venerabile canonico chiamava M. Jauffret ‘Monsignor Arcivescovo’,
« Monsignore, protesto contro questo titolo, dichiarò Eugenio alzandosi, convinto che Vostra Grandezza stessa protesterà . Se fosse diversamente, dovrei lasciare la tavola e andarmene perché non vorrei aderire a uno scismaâ€
Si può immaginare lo stupore di tutti gli invitati. Mons. Jauffret rispose subito, con molta calma e non senza coraggio : « L’abate de Mazenod ha ragione. On sono arcivescovo di Aix, ma solo amministratore capitolare ». Nonostante questa inattesa discussione, a cui il prelato rispose in modo così felice, i rapporti tra lui e Eugenio rimasero eccellenti. Mons. Jauffret era venuto in Provenza, suo malgrado, un anno dopo la sua nomina da parte dell’Imperatore, su ordine espresso di Napoleone e con la speranza di avere, alla fine, la sua istituzione canonica da parte del Papa.
J. Leflon, “Eugène de Mazenod…†Volume 1, p. 429
Il vescovo fu gentile nella sua risposta, ma l’intransigenza appena espressa e la crisi pubblica gli fecero guadagnare le critiche di alcuni preti locali