A parte l’attività non-stop, Eugenio aveva la responsabilità di allevare gli inizi del gruppo dei missionari. L’identità del gruppo era stata appena formata. La metodologia e i risultati delle loro attività missionarie erano state elaborate come risposta a una nuova situazione. L’arrivo dei primi novizi costrinse il gruppo a chiarire i loro valori e lo spirito, in modo da poterlo trasmettere ai nuovi membri. La Congregazione dei Giovani stava crescendo e aveva bisogno di molte attenzioni. Anche le critiche di alcuni preti parrocchiali di Aix si aggiungevano ai suoi oneri. La sua salute ne iniziò a soffrire:
Se ti dicessi quello che devo fare normalmente, ne saresti spaventato. Ciò che mi uccide è il pensiero che devo fare, nella giornata, venti cose più di quelle che posso. Questo mi dà , in tutte le mie azioni, una involontaria agitazione interiore che mi brucia il sangue. Credo che sia una delle cause principali dell’alterazione della mia salute. Pensa che mi sono ridotto a prendere dello « salep ». Ma basta parlare della mia cattiva persona…
Lettera a Forbin Janson, luglio-agosto 1816, E.O.XV n 138