Un evento che toccava nel profondo i partecipanti e che aveva luogo in ogni missione era la processione penitenziale, centrata, in modo diretto e tangibile, sugli effetti salvifici della Croce di Cristo, capace di cancellare il peso del peccato. Nel Diario della Missione di Marignane, Eugenio mostra come fosse necessario discernere e riflettere su ogni innovazione missionaria e come fosse importante che le persone capissero e fossero recettive al messaggio:
Alle due abbiamo cominciato i vespri e dopo i vespri c e stata la predica sul danno di rimandare la conversione.
Dopo la predica il superiore è salito sul pulpito per dare gli avvisi circa la processione di penitenza che doveva aver luogo, avvisi che abbiamo dati anche nelle missioni già predicate, ma che qui erano tanto più necessari ch’era doveroso prevenire i fedeli relativamente a un avvenimento straordinario che avrebbe colpito i loro occhi.
Soltanto dopo mature riflessioni, dopo aver consultato Dio e considerati i vantaggi e gl’inconvenienti del passo che stavamo facendo, ci siamo decisi; e il felice esito ottenuto ci ha dato la prova che l’ispirazione ci veniva da Dio, come avevamo previsto in anticipo.
Diario della missione a Marignane, 24 novembre 1816, E.O. XVI