À partir du moment où Eugène mit le pied à Marseille en tant que Vicaire Général de son oncle, il commença à souffrir. Le diocèse avait été vacant durant deux décennies, et ainsi il y avait bien des réformes à entreprendre. Ce qui impliquait de fouler les pieds des gens qui avaient établi leur zones de confort et qui ne souhaitaient pas en changer pour le plus grand bien du diocèse. Mgr Fortuné était un vieil homme, et tandis qu’il prenaient toutes les décisions, il relevait d’Eugène et de Tempier de les mettre en pratique – parfois moyennant un coût personnel abondant. Trois jours après leur arrivée dans la ville, Eugène écrivit à Courtès à Aix :
Je n’entame pas le chapitre des regrets et des peines, il serait inépuisable. Marseille eût été insupportable pour moi si on m’y avait vu venir de bon œil et si l’on m’y rendait la justice que je sais mériter; juge de ce qu’il en doit être quand je considère que Lucifer n’eut pas été plus maudit, s’il se fût présenté pour enlever leurs âmes… Ne crois pas cependant que toutes ces clameurs m’intimident, ni tout ce dont on me menace. C’est aux Princes, c’est au Roi, c’est au Pape qu’on doit écrire; les libéraux se sont chargés de cette dernière démarche. Tout ce bruit, on le fait pour soutenir trois prêtres, je dirai presque trois réfractaires.
Lettre à Hippolyte Courtès, 13 août 1823, EO VI n.112
Yvon Beaudoin explique ainsi l’arrière-plan de cette lettre :
M. Rodet et les Missionnaires de France établis à Marseille avaient fait campagne contre la nomination de Mgr Fortuné de Mazenod. Celui-ci, après avoir consulté M. l’abbé Jean-Marie de la Mennais, vicaire général de la Grande Aumônerie, demanda à M. Rauzan de rappeler ses Missionnaires. À l’entrée du nouvel Évêque dans son diocèse, le dimanche 10 août, les Missionnaires de France s’y trouvaient encore et quelques-uns de leurs partisans firent des démonstrations publiques contre lui. Ils s’en prenaient surtout au Père de Mazenod qu’ils tenaient responsable de la mesure prise par Mgr Fortuné, même si en réalité c’était une décision personnelle de celui-ci. (Note 2 dans EO VI n. 112)
« On s’habitue au rejet et on ne le prend pas personnellement. » Daniel Craig