En Janvier 1814, les armées de Napoléon étaient en retrait comme les puissances contre lui envahissaient la France. Il envoya deux mille prisonniers de guerre Autrichiens à Aix. Le typhus avait éclaté, et les médecins et l’aumônier en était mort. Eugène prit conscience de l’abandon de ces prisonniers, qui étaient en train de mourir sans l’aide sacramentelle de l’Église, et offrit ses services à l’administration diocésaine pour les leur administrer. Lui aussi fut atteint par la maladie, fut confiné au lit le 10 Mars et reçut l’extrême-onction le 14. Peu après, il se mit à délirer. Il décrit cet événement dans une lettre à son père à Palerme:
Je m’y suis entièrement rétabli d’une maladie qui m’avait conduit aux portes du tombeau et dont je ne me suis relevé que par l’effet des innombrables et bien ferventes prières que l’on a adressées pour moi au bon Dieu de tous les coins de la ville.
C’est prodigieux tout ce que l’on m’a témoigné d’intérêt; j’en suis confus et humilié toutes les fois qu’on me le rappelle, et je ne pourrai jamais le reconnaître autrement que par le plus entier dévouement au salut et à l’édification de tous mes chers compatriotes.
Leur sollicitude pour moi était d’autant plus généreuse que ce n’était pas à leur service que j’avais gagné le mal qui m’aurait infailliblement enlevé sans l’effet inespéré des prières sinon publiques, quoiqu’elles le fussent même un peu, du moins générales.
C’était aux casernes où étaient entassés 2000 prisonniers autrichiens que je pris ce qu’on appelle la maladie des prisons. Le jour de saint Joseph j’étais le matin à toute extrémité; et comme si mon s[ain]t patron avait voulu me marquer l’effet de sa puissante protection que l’on invoquait de toute part, le soir même je tournai vers le mieux avec une rapidité étonnante. Le lendemain ou le surlendemain il n’y avait plus de danger.
J’ai pourtant été privé du bonheur de dire la s[ain]te messe jusqu’au 20 avril que je recommençai à m’acquitter de ce consolant ministère chez moi. Maintenant j’ai repris toutes mes autres petites fonctions de zèle, et je me porte aussi bien et même mieux qu’avant ma maladie…
Lettre à Charles Antoine de Mazenod, le 17 juin 1814, E.O. XV n. 126
Eugène est victime de son zèle apostolique. Parce qu’il est accouru au secours de quelque 2000 prisonniers entassés dans des casernes où le typhus fait des ravages, la maladie le frappe à son tour. Le récit qu’il en fait à Charles-Antoine de Mazenod a beau être court, il n’en exprime pas moins ce qui se vit au niveau du cœur d’Eugène..
Aucun apitoiement sur lui-même si ce n’est le regret de n’avoir pu célébrer l’Eucharistie. Et le constat lucide et concis d’avoir été « à toute extrémité » le jour même de la saint Joseph.
La description qu’il fait de son retour à la santé est un véritable « hymne à la reconnaissance » dans lequel on reconnaît une fois de plus l’homme au caractère entier pour qui toute justice doit être rendue. On y entend que sa guérison, surprenante en bien des points de vue, est due aux « innombrables et ferventes prières adressées au bon Dieu de tous les coins de la ville», que cette sollicitude est dictée par une grande générosité et que saint Joseph, invoqué pour lui de partout, lui a prodigué « l’effet de sa puissante protection ».
Comment Eugène va-t-il rendre de façon équitable toutes ces grâces reçues ? Simplement « par le plus entier dévouement au salut et à l’édification de tous [ses] chers compatriotes », en devenant de plus en plus un prêtre passionné de Jésus Christ et un missionnaire débordant de « zèle pour les âmes ».