En vista de las leyes de 1828 que afectaban el papel de la Iglesia en la educación cristiana, prohibía a los religiosos enseñar, impedía los seminarios menores y expulsaban a los Jesuitas, Eugenio fue llevado a la acción.
La ordenanza que, expulsando a los jesuitas, priva a todas las familias cristianas del reino, del único medio que les quedaba para educar a sus hijos en los principios de nuestra religión y preservar sus costumbres del terrible contagio que propagan los colegios de la Universidad, es un crimen público que cuenta como cómplices a quienes la aprueben.
Para empeorar todo, fue un Obispo católico en el gobierno quien había publicado todas esas leyes:
El escándalo de ver a un obispo refrendar esa ordenanza y provocarla con un informe indignante, es también un atentado que tampoco será fácil reparar. ¿Cómo expresar el dolor que siento a la vista de tan graves desórdenes? Lo comprende usted que comparte tan bien mis sentimientos. No basta con gemir; habría que hacer resonar por toda la tierra el grito de las más fuertes protestas…
Carta a Henri Tempier, Junio 24, 1828, EO VII núm. 304
En Marsella, Eugenio respondía con y a través de su tío, el Obispo Fortuné. Sin embargo, en Aix, donde los Oblatos tenían influencia, Eugenio respondió como Superior General en apoyo a los Jesuitas, a través de muchos actos públicos.