Para poder comprender algunas de las posiciones adoptadas por Eugenio, debemos recordar que la Iglesia en Francia después de la Revolución era un desorden. Muchos sacerdotes y religiosas habían sido asesinados, otros habían huído al extranjero y otros habían permanecido en Francia cooperando con las mismas autoridades que se habían empeñado en la destrucción de la Iglesia Católica Romana. Al asumir el poder absoluto, Napoleón quiso tener el derecho a nombrar a los obispos de Francia. El Papa Pío VII se rehusó, siendo encarcelado por el Emperador.
Sin poder “crear” a los obispos, Napoleón cambió a los que había disponibles a las diócesis de su elección. La Arquidiócesis de Aix se encontraba entre ellas, por lo que Napoleón envió al Obispo de Metz a hacerse cargo. Eugenio tenía serios problemas con la usurpación de Napoleón sobre la autoridad del Papa. Leflon refiere un incidente en Aix en Provenza:
En medio de una comida solemne en la que un venerable canónigo se atrevió a llamar al Sr. Jauffret Señor arzobispo,
Eugenio, levantándose, reclamó: «Monseñor, yo protesto contra ese título, convencido de que Su Ilustrísima protesta también. De no ser así, tendré que abandonar esta mesa y retirarme, porque no puede adherirme a un cisma.»
Es de suponer el asombro de todos los convidados. Mons. Jauffret contestó inmediatamente con mucha calma y con valentía: «El Sr. de Mazenod tiene razón. No soy arzobispo de Aix; soy solamente administrador capitular.»
A pesar del incidente en el que el prelado supo responder de un modo tan feliz, las relaciones entre Eugenio y él siguieron siendo excelentes. Mons. Jauffret había venido a Provenza contra su voluntad después de ser nombrado por Napoleón y por orden expresa del mismo, y con la esperanza de lograr, por fin, del Papa su institución canónica.
J. Leflon, “Eugene de Mazenod…” Volumen 1, págs. 404 – 405
La respuesta del Obispo fue amable, pero la intransigencia y enfrentamiento público del recién ordenado Eugenio le ganó la crítica de algunos de los sacerdotes locales.